Οι Μαθητικές Κοινότητες ξεκινούν να λειτουργούν από την Δ’ τάξη έως και την ΣΤ’ τάξη. Τα πέντε μέλη εκλέγονται τον Οκτώβριο από τους/τις συμμαθητές/τριές τους και έχουν θητεία για όλη τη χρονιά.

Σε όλες τις τάξεις τα πέντε μέλη είναι ισότιμα και αναλαμβάνουν έναν από τους παρακάτω ρόλους εκπροσώπησης των συμμαθητών/τριών τους:
α) εκπρόσωπος τμήματος
β) εκπρόσωπος σχολικής ζωής
γ)εκπρόσωπος οργάνωσης
δ) εκπρόσωπος δημιουργικών δράσεων
ε) εκπρόσωπος στο Μαθητικό Συμβούλιο 

Το 12μελές Μαθητικό Συμβούλιο αποτελείται από τους εκλεγμένους εκπροσώπους κάθε τμήματος των τάξεων Δ΄, Ε΄ και ΣΤ’. Συγκροτείται σε σώμα με τέσσερις (4) συντονιστικούς ρόλους, οι οποίοι ανατίθενται με ψηφοφορία στους τέσσερις (4) εκπροσώπους των τμημάτων της ΣΤ τάξης: 1) Πρόεδρος 2) Αντιπρόεδρος 3) Γραμματέας 4) Συντονιστής επικοινωνίας. Το Μαθητικό Συμβούλιο συνεδριάζει μία φορά τον μήνα τακτικά με τον Διευθυντή του Σχολείου. Στη συνέχεια, οι εκπρόσωποι μεταφέρουν στο τμήμα τους τις αποφάσεις των συνεδριάσεων και αντίστροφα μεταφέρουν στο Συμβούλιο τις προτάσεις και τα ζητήματα των μαθητών του τμήματός τους.

Ανάμεσα στα ζητήματα με τα οποία μπορεί πιθανώς να ασχοληθεί το Μαθητικό Συμβούλιο είναι:

• οργάνωση εκδηλώσεων,
• εκπροσώπηση σχολικής κοινότητας εκτός Σχολείου,
• έλεγχος ζητημάτων καθημερινής λειτουργίας,
• παρεμβάσεις στο Σχολείο σχετικά με επίκαιρα ή έκτακτα ζητήματα,
• μαθητικές εκδόσεις,
• δράσεις τύπου ανακύκλωσης.